Hi Reto,
Ich würde Dir empfehlen, ext4 ohne Journalisierung oder ext2 zu nutzen, das ist besser für die Lebenszeit Deines USB Sticks.
Die mount Option sync sollte eigentlich dafür sorgen, dass Schreibzugriff immer sofort auf dem Datenträger ausgeführt werden, insofern ist zu vermuten, dass ein installiertes Programm oft auf den USB Stick schreibt (genau dann wenn der Saft weg geht).
Generell ist ein shutdown -h now natürlich schon die gepflegteste Variante um ein System herunterzufahren, aber wenn Du sicherstellen kannst, dass nichts zu dem Zeitpunkt schreibt, müsste es auch einfach ein "Stecker-raus" vertragen.
Hoffe das hilft Dir weiter.
Grüsse - Christoph