Ich frage mal anders herum: Was hast Du denn erwartet? Der State-Pin wird getriggert, wenn die Verbindung zum Host besteht, also die serielle Leitung etabliert ist. Er verhält sich also gemäss Deiner Beschreibung korrekt.
Aufgrund der von Dir verlinkten Beschreibung gehe ich davon aus, dass sich die komische Software aus Redmond anders verhält. Sie scheint den COM-Port einfach beim Etablieren der BT-Verbindung zuzuweisen, aber die eigentliche serielle Verbindung wird erst beim Öffnen des Ports erstellt. Falls diese Vermutung zutrifft, musst Du etwas mehr tricksen, wenn Du einen ähnlichen Workflow mit Linux etablieren willst (z.B. avrdude verschieben und durch Script ersetzen, das die serielle Verbindung etabliert, das avrdude-Binary aufruft und dann die Verbindung wieder abbaut).